O custo depende de duas variáveis principais: os honorários de preparação (consultoria, implementação do SGQ, auditoria simulada) e os custos do organismo certificador. Estes últimos são calculados segundo a
IAF MD 9, que determina a duração das auditorias em função do número de funcionários e da complexidade das atividades subcontratadas. Uma empresa de 10 pessoas não tem o mesmo tempo de auditoria que uma de 80. Estabelecemos uma estimativa precisa na definição inicial, uma vez conhecidos o seu escopo de atividade e o seu quadro de pessoal.